Proteinanalysen

Definition: Die Fähigkeit, eine große Anzahl menschlicher Plasmaproteine, einschließlich Proteine mit hoher und niedriger Häufigkeit, mit hoher Konsistenz und Reproduzierbarkeit zuverlässig zu quantifizieren. Bewertung: Die Punktzahl für dieses Kriterium basiert u.a. auf der Anzahl der Proteingruppen-IDs, deren Quantifizierung der Antragsteller zusagt. Entsprechend den Projektzielen müssen alle vorgeschlagenen Proteinzahlen die folgenden Qualitätskriterien erfüllen: - Konsistente Nachweisbarkeit in mindestens 90 % aller klinischen Proben. - Die relative Standardabweichung (RSD) der gepoolten Qualitätskontrollproben (QC) muss unter 30 % liegen. Das Konzept (schriftlich im Umfang von max. 15 Seiten DIN-A4, Schriftart Arial, Schriftgröße 11, Zeilenabstand 1,5), inkl. Diagrammen und Prozessschaubildern, soll eine strukturelle Darstellung enthalten, wie der Bieter die in der Leistungsbeschreibung dargestellten Aufgaben umsetzen wird. Inhaltlich muss der Bieter mindestens auf folgende Aspekte eingehen: - Angabe der vom Bieter vorgeschlagenen Anzahl konsistent quantifizierter Proteine (d. h. Gruppen-IDs, die nach Entfernung aller technischen Effekte zuverlässig gemessen wurden). - Vorlage von Daten und/oder Beispielen, welche die nach dem Konzept des Bieters typische Proteomabdeckung und -tiefe in menschlichen Plasmaproben belegen. Die Gesamtpunktzahl in diesem Wertungskriterium wird anhand von zwei Unterkriterien bewertet: 1) Vorgesehene Anzahl konsistent quantifizierter Proteine 2) Qualität und Relevanz der Daten / Beispiele Zur Ermittlung der Gesamtpunktzahl werden zunächst die beiden Unterkriterien separat mit Punktzahlen bewertet. Im zweiten Schritt werden die in den beiden Unterkriterien erzielten Punktzahlen addiert und sodann durch die Anzahl der Unterkriterien geteilt. Die Bewertung im ersten Unterkriterium (Vorgesehene Anzahl konsistent quantifizierter Proteine) wird nach folgenden Maßstab vorgenommen: 5 Punkte: Vorgeschlagene Anzahl an Proteinen (die alle Qualitäts-kriterien erfüllen): 1000 oder mehr | Außergewöhnlich. Erfüllt oder übertrifft die gewünschte maximale Proteinabdeckung 4 Punkte: Vorgeschlagene Anzahl an Proteinen (die alle Qualitäts-kriterien erfüllen): 800 - 999 | Ausgezeichnet. Eine äußerst wettbewerbsfähige Zahl, die die starke Leistungsfähigkeit der Plattform unter Beweis stellt. 3 Punkte: Vorgeschlagene Anzahl an Proteinen (die alle Qualitäts-kriterien erfüllen): 600 - 799 | Sehr gut. Eine solide Zahl, die eine bedeutende und wertvolle Proteinabdeckung zeigt. 2 Punkte: Vorgeschlagene Anzahl an Proteinen (die alle Qualitäts-kriterien erfüllen): 400 - 599 | Gut. Ein solider Vorschlag, der eine sinnvolle Proteinabdeckung gewährleistet. 1 Punkt: Vorgeschlagene Anzahl an Proteinen (die alle Qualitäts-kriterien erfüllen): 200 - 399 | Erfüllt die Mindestanforderungen an die Proteinabdeckung. 0 Punkte: Vorgeschlagene Anzahl an Proteinen (die alle Qualitäts-kriterien erfüllen): 0 - 199 | Unter dem Minimum. Erfüllt nicht die Mindestanforderungen für das Projekt. Hinweis: In diesem Fall muss das Angebot ausgeschlossen werden! Die Bewertung im zweiten Unterkriterium (Qualität und Relevanz der Daten / Beispiele) erfolgt auf der Grundlage des nachfolgend dargestellten Maßstabs, welcher auf einem in der Bundesrepublik Deutschland gebräuchlichen Schulnotensystem basiert. Hierbei ist die Note "sehr gut" ("1") die beste Note (= 5 Punkte) und die Note "ungenügend" ("6") die schlechteste Note (= 0 Punkte). 5 Punkte: sehr gut | Aus den vorgelegten Daten und/oder Beispielen ergibt sich eindeutig und überprüfbar, dass die vorgeschlagene An-zahl an Proteinen mehrere sehr große Chargen (10.000 Proben oder mehr) umfasst, die die Qualitätskriterien der Ausschreibung erfüllt. 4 Punkte: gut | Aus den vorgelegten Daten und/oder Beispielen ergibt sich eindeutig und überprüfbar, dass die vorgeschlagene Anzahl an Proteinen mehrere große Chargen (> 1.000 Proben) umfasst, die die Qualitätskriterien der Ausschreibung erfüllen. 3 Punkte: befriedigend | Aus den vorgelegten Daten und/oder Beispielen ergibt sich eindeutig und überprüfbar, dass die vorgeschlagene Anzahl an Proteinen eine große Charge (> 1.000 Proben) umfasst, die die Qualitätskriterien der Ausschreibung erfüllt. 2 Punkte: ausreichend | Aus den vorgelegten Daten und/oder Beispielen ergibt sich eindeutig und überprüfbar, dass die vorgeschlagene Anzahl an Proteinen eine mittlere Charge (< 1.000 Proben) umfasst, die die Qualitätskriterien der Ausschreibung erfüllt. 1 Punkt: mangelhaft | Die vorgelegten Daten und/oder Beispiele betreffen keine menschlichen Körperflüssigkeiten oder sind nicht detailliert genug, sodass ihre Relevanz für dieses Projekt schwer zu beurteilen ist. 0 Punkte: ungenügend | Es werden keine oder nur irrelevante Daten und/oder Beispiele zur Verfügung gestellt.

In diesem Wertungskriterium wird bewertet, in welchem Maße die im Konzept des Bieters dargestellte Vorgehensweise erwarten lässt, dass bis zum Ende der Vertragslauf-zeit eine möglichst hohe Anzahl an Proben analysiert werden wird. Das Konzept (schriftlich im Umfang von max. 15 Seiten DIN-A4, Schriftart Arial, Schriftgröße 11, Zeilenabstand 1,5), inkl. Diagrammen und Prozessschaubilder, soll eine strukturelle Darstellung enthalten, wie der Bieter die in der Leistungsbeschreibung dargestellten Aufgaben umsetzen wird. Inhaltlich muss der Bieter auf folgende Aspekte eingehen: - Welche Anzahl an Proben wird der Bieter bis zum Ende der Vertragslaufzeit (31. Dezember 2028) analysieren können? - Mit welchen technischen, methodischen, personellen und/oder sonstigen Mitteln will der Bieter erreichen, dass die von ihm avisierte Anzahl an Proben bis zum Ende der Vertragslaufzeit analysiert werden kann? Im Übrigen wird darauf hingewiesen, dass keine Unterkriterien gebildet worden sind bzw. selbstständig bewertet werden. Die Bewertung des Konzepts erfolgt im Rahmen einer Gesamtbewertung auf der Grundlage des nachfolgend dargestellten Maßstabs. Bewertet wird der Erfüllungsgrad des Konzepts im Hinblick darauf, in welchem Maße dieses im Rahmen einer prognostischen Beurteilung eine den in der Leistungsbeschreibung genannten Zielen und Vorgaben genügende Vertragsdurchführung erwarten lässt. 5 Punkte: Vorgeschlagene Anzahl an Proteinen (die alle Qualitäts-kriterien erfüllen): 100,000 - 119,999 | Außergewöhnlich. Betrieb auf dem höchsten Durchsatzniveau mit einer sehr hohen Ausfallsicherheit, die das angestrebte Niveau deutlich übertrifft. 4 Punkte: Vorgeschlagene Anzahl an Proteinen (die alle Qualitäts-kriterien erfüllen): 80,000 - 99,999 | Ausgezeichnet. Nahezu maximales Durchsatzniveau mit einer hohen Ausfallsicherheit. 3 Punkte: Vorgeschlagene Anzahl an Proteinen (die alle Qualitäts-kriterien erfüllen): 60,000 - 79,999 | Gut. Das Durchsatzniveau weist eine hohe Wettbewerbsfähigkeit auf; die in der Leistungsbeschreibung genannten Ziele werden mit einer soliden Flexibilität und Risikotoleranz erfüllt. 2 Punkte: Vorgeschlagene Anzahl an Proteinen (die alle Qualitäts-kriterien erfüllen): 40,000 - 59,999 | Befriedigend. Durchschnittliches Durchsatzniveau, welches die wesentlichen Anforderungen der Leistungsbeschreibung erfüllt. 1 Punkt: Vorgeschlagene Anzahl an Proteinen (die alle Qualitäts-kriterien erfüllen): 20,000 - 39,999 | Ausreichend. Das Durchsatzniveau erfüllt (zwar) die Mindestanforderungen der Leistungsbeschreibung, ist allerdings nur mit engen Zeitvorgaben realisierbar. 0 Punkte: Vorgeschlagene Anzahl an Proteinen (die alle Qualitäts-kriterien erfüllen): 0 - 19,999 | Ungenügend. Das Durchsatzniveau erfüllt nicht die Mindestanforderungen.

In diesem Wertungskriterium wird bewertet, in welchem Maße die im Konzept des Bieters vorgesehene Methodik, Qualitätskontrollstrategie und Datenverarbeitung eine den in der Leistungsbeschreibung genannten Zielen und Vorgaben genügende Vertragsdurchführung erwarten lässt. Im Hinblick auf die Methodik fließen insbesondere die Qualität, Detailgenauigkeit und Eignung des vorgeschlagenen Proteomik-Arbeitsablaufs in die Konzeptbewertung ein. Im Bereich der Qualitätskontrolle fließen insbesondere die Vollständigkeit, Integration und Robustheit der skizzierten Strategie während des gesamten Arbeitsablaufs (von der Probenvorbereitung bis zur Datenerfassung und -verarbeitung) in die Konzeptbewertung ein. In Bezug auf die vom Bieter im Konzept dargestellte Vorgehensweise bei der Daten(vor-)verarbeitung fließen insbesondere die Rohdatenverarbeitung, die robuste Peptid- und Proteinidentifizierung und -quantifizierung sowie effektive Qualitäts-kontrollen für technische Effekte (und deren Entfernung) in die Konzeptbewertung ein. Das Konzept (schriftlich im Umfang von max. 15 Seiten DIN-A4, Schriftart Arial, Schriftgröße 11, Zeilenabstand 1,5), inkl. Diagrammen und Prozessschaubilder, soll eine strukturelle Darstellung enthalten, wie der Bieter die in der Leistungsbeschreibung dargestellten Aufgaben umsetzen wird. Inhaltlich muss der Bieter mindestens auf folgende Aspekte eingehen: - Methodik: Qualität, Detailgenauigkeit und Eignung des vorgeschlagenen Proteomik-Arbeitsablaufs - Qualitätskontrolle: Vollständigkeit, Integration und Robustheit der skizzierten Strategie während des gesamten Arbeitsablaufs (von der Probenvorbereitung bis zur Datenerfassung und -verarbeitung) - Daten(vor-)verarbeitung: Rohdatenverarbeitung, robuste Peptid- und Proteinidentifizierung und -quantifizierung sowie effektive Qualitätskontrollen für technische Effekte (und deren Entfernung) Im Übrigen wird darauf hingewiesen, dass keine Unterkriterien gebildet worden sind bzw. selbstständig bewertet werden. Die Bewertung des Konzepts erfolgt im Rahmen einer Gesamtbewertung auf der Grundlage des nachfolgend dargestellten Maßstabs, welcher auf einem in der Bundesrepublik Deutschland gebräuchlichen Schulnotensystem basiert. Hierbei ist die Note "sehr gut" ("1") die beste Note (= 5 Punkte) und die Note "ungenügend" ("6") die schlechteste Note (= 0 Punkte). Bewertet wird der Erfüllungsgrad des Konzepts im Hinblick darauf, in welchem Maße dieses im Rahmen einer prognostischen Beurteilung eine den in der Leistungsbeschreibung genannten Zielen und Vorgaben genügende Vertragsdurchführung erwarten lässt. 5 Punkte: Schulnote "sehr gut" (1) 4 Punkte: Schulnote "gut" (2) 3 Punkte: Schulnote "befriedigend" (3) 2 Punkte: Schulnote "ausreichend" (4) 1 Punkt: Schulnote "mangelhaft" (5) 0 Punkte: Schulnote "ungenügend" (6)

In diesem Wertungskriterium wird bewertet, in welchem Maße die im Konzept des Bieters zur Auftragsausführung vorgesehene Labortechnik (LC-MS-System und Zusatzausstattung) dem Stand der Technik entspricht und eine den in der Leistungsbeschreibung genannten Zielen und Vorgaben genügende Vertragsdurchführung erwarten lässt. Das Konzept (schriftlich im Umfang von max. 15 Seiten DIN-A4, Schriftart Arial, Schriftgröße 11, Zeilenabstand 1,5), inkl. Diagrammen und Prozessschaubilder, soll eine strukturelle Darstellung enthalten, wie der Bieter die in der Leistungsbeschreibung dargestellten Aufgaben umsetzen wird. Inhaltlich muss der Bieter mindestens auf folgende Aspekte eingehen: - Welches LC-MS-System und welche Zusatzausstattung sind vorgesehen? In Bezug auf die Geräte sollen idealerweise jeweils die Geräteklasse, das Jahr der erstmaligen Markteinführung und das Alter der vorgesehenen Geräte sowie hervorzuhebende / besondere Funktionalitäten benannt werden. - Des Weiteren soll der Bieter darstellen, wie die Geräte kombiniert / integriert werden sollen, um eine möglichst effiziente Nutzung zu ermöglichen. Im Übrigen wird darauf hingewiesen, dass keine Unterkriterien gebildet worden sind bzw. selbstständig bewertet werden. Die Bewertung des Konzepts erfolgt im Rahmen einer Gesamtbewertung auf der Grundlage des nachfolgend dargestellten Maßstabs, welcher auf einem in der Bundesrepublik Deutschland gebräuchlichen Schulnotensystem basiert. Hierbei ist die Note "sehr gut" ("1") die beste Note (= 5 Punkte) und die Note "ungenügend" ("6") die schlechteste Note (= 0 Punkte). Bewertet wird der Erfüllungsgrad des Konzepts im Hinblick darauf, in welchem Maße dieses im Rahmen einer prognostischen Beurteilung eine den in der Leistungsbeschreibung genannten Zielen und Vorgaben genügende Vertragsdurchführung erwarten lässt. 5 Punkte: Schulnote "sehr gut" (1) 4 Punkte: Schulnote "gut" (2) 3 Punkte: Schulnote "befriedigend" (3) 2 Punkte: Schulnote "ausreichend" (4) 1 Punkt: Schulnote "mangelhaft" (5) 0 Punkte: Schulnote "ungenügend" (6)