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RV über Funktionsprüfung von Schultafeln
KI Es wird eine Rahmenvereinbarung über die Funktionsprüfung von Schultafeln in München ausgeschrieben.
Reparatur und Instandhaltung
242.250 €
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Bildung & Forschung
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UVgO (Unterschwelle)
Illumina Komplettgenomsequenzierung (DNA-Seq) von 350 Buchen
Johann Heinrich von Thünen-Institut · Braunschweig
- Status
- Vergeben
- Auftragswert
- nicht veröffentlicht
- Verfahren
- Vergabeverfahren ohne Aufruf zum Wettbewerb (national)
- Veröffentlicht
- 09.07.2025
Vergabe-Ergebnis
Novogene GmbH, 82152 Planegg
Auftragnehmer
Hinweis: Nicht alle Kerndaten wurden publiziert — die Vergabestelle hat diese Bekanntmachung ohne Vertragswert veröffentlicht.
Beschreibung
Vertragsgegenstand ist eine lllumina-Komplettgenomsequenzierung (DNA-Seq) inklusive Überprüfung der Proben und Erstellung der Sequenzier-Libraries sowie die bioinformatische Analyse inklusive der
Rohdaten-Qualitätskontrolle, dem Filtern der Reads, dem zusammenführen des Referenzgenoms mit den Sequenzierungsergebnissen (read mapping) und der Detektion der Varianten (variant calling) von 350
Buchen-DNA-Proben (Fagus sylvatica). Die Ergebnis-Dateien müssen dem Auftraggeber in Form von externen Speichermedien zur Verfügung gestellt werden.
Speziell hat die zu erbringende Leistung folgenden Umfang:
1. Überprüfung der Buchen-DNA-Proben auf ihre Qualität (Messung der Quantität, Integrität und Reinheit),
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2. Erstellung der lllumina-Sequenzier-Libraries ("library preparation"),
3. lllumina-Komplettgenomsequenzierung mit paarweise ("paired-end") 150 bp Reads von 350 Buchenproben mit einer Sequenziertiefe von 35x entsprechend 19 Gb Rohdaten pro Probe. Die hierbei generierten Rohdaten müssen mehr als 80% der Basen mit einem Quality Score von > Q30 aufweisen.
4. Bioinformatische Analyse
4.1 Rohdaten-Qualitätskontrolle und Filtern der Reads,
4.2 Referenzgenom-Angleichung (Mapping),
4.3 Detektion (Calling) der Varianten (SNPs und lndels):
SNP + InDel variant calling mit GATK (Genome Analysis Toolkit) muss entsprechend der „Best practices" durch GVCF-Files erfolgen, die mit dem „HaplotypeCaller" generiert wurden. Die gemeinsame Genotypisierung aller Proben muss mit den Funktionen „CombineGVCFs" und „GenotypeGVCFs" durchgeführt werden.
5. Zusammenstellung der Ergebnis-Dateien
5.1 Rohdaten: FASTQ-Dateien,
5.2 Mapping: BAM-Dateien,
5.3 Variant-Calling:
5.3.1 GVCF-Dateien generiert mit GATK's „HaplotypeCaller",
5.3.2 zusammengeführte VCF-Datei, generiert mit GATK's „Combi-neGVCFs" und „GenotypeGVCFs" (eine Datei für den gesamten Datensatz mit allen 350 Buchenproben).
6. Übermittlung der Ergebnis-Dateien mittels externer Speichermedien an den Auftraggeber.
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Auftragnehmer Novogene GmbH, 82152 Planegg1 Veröffentlichung
- 09.07.2025 Original-Veröffentlichung aktuell
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