Intakte Gewässer und Auen haben einen bedeutenden gesellschaftlichen Nutzen, denn neben dem Erhalt der Artenvielfalt, der Verbesserung der Wasserqualität und der Erholungsnutzung leisten sie zentrale Beiträge zur Klimaanpassung und zum Klimaschutz. Mit Blick auf den Klimaschutz belegen verschiedene Studien, dass fluss- bzw. auenbezogene Ökosysteme große Mengen Kohlenstoff speichern, und ihre Renaturierung zur Verringerung von Treibhausgas-Emissionen (THG) beiträgt . Regelmäßige Überflutungen, ein strukturreiches Auenrelief und höhere Grundwasserspiegel in Auen begünstigen die Ablagerung von organischen und nährstoffreichen Feinsedimenten, was zu einer erhöhten Primärproduktion (Aufnahme von Kohlendioxid in Biomasse) und zugleich einem verlangsamten Abbau von organischem Material (Freisetzung von Kohlendioxid aus Biomasse) führt.
Die Abschätzung der Klimaschutzwirkung von Auen basiert derzeit größtenteils auf Daten von organischen Böden (Moore). Vor allem im Nordosten Deutschlands und im Alpenvorland gibt es eine große Schnittmenge zwischen Auen bzw. Niederungen und Mooren . Durch Entwässerung und u. a. landwirtschaftliche Nutzung von Moorböden werden klimaschädliche Treibhausgase freigesetzt. Der Kenntnisstand der Kohlenstofffestlegung von „mineralischen“ Auenböden, die insgesamt mehr als 90 % der deutschen Flussauen aus der Betrachtungskulisse des Auenzustandsberichtes 2021 (79 Fließgewässer) ausmachen, weist im Vergleich zu Moorböden noch größere Defizite und noch umfangreichere anthropogene Beeinflussungen auf. Verschiedene Studien weisen darauf hin, dass auch in mineralischen Überschwemmungsauen die Kohlenstoffvorräte sowohl im Boden als auch in der Vegetation höher sind als in terrestrischen Ökosystemen. Acker- und Grünlandstandorte in der rezenten Aue (d. h. bis zu einem HQ 100 überflutbare Aue) besitzen einen im Mittel um 60 t Kohlenstoff pro Hektar höheren Vorratswert im Boden (über alle Böden gemittelt) als in der Altaue (vom Fluss durch Dämme und Deiche ab